يعتمد الهيكل التنظيمي على ترشيد الكادر بعيداً عن خلق بطالة مقنعة، ومواقع إدارية رفيعة ترهق موازنة الأكاديمية ولذلك تعتمد الأكاديمية على الأداء الإداري الرشيد والسلس وبما لا يؤثر على سير العمل الإداري.
ويعتمد على قانون الجامعات اليمينة للعام 1995م ولائحته التنفيذية وتعديلاته واللوائح الداخلية التي يتم إقرارها من قبل مجلس الأكاديمية .
